मैं एक ऐसा फ़ंक्शन बनाने की कोशिश कर रहा हूं जो मेरे पास मौजूद डेटा सेट से डेटा के 2 कॉलम के बीच सहसंबंध गुणांक की गणना करता है और कॉलम के प्रत्येक संयोजन के लिए इसे दोहराता है।

तब मैं चाहता हूं कि यह सभी गुणांक को हीटमैप में प्लॉट करे।

यह डेटासेट की रूपरेखा है और जिसे मैं हीटमैप में शामिल करना चाहता हूं।

मैं अपने फ़ंक्शन को कैसे संपादित करूं ताकि यह डेटा सेट के माध्यम से चक्रित हो और सभी स्तंभों के बीच सहसंबंध गुणांक की गणना करने में सक्षम हो और हीटमैप में मान प्लॉट कर सके? मैं पहले सभी 0 के साथ एक खाली डेटा फ्रेम बनाने की कोशिश कर रहा हूं और फिर मैं इसे सभी मानों को भरना चाहता हूं।

master <- read.table("~/Desktop/Heatmap Project/master.txt", sep = "\t", header = T, stringsAsFactors = F)

vector_a <- master$Median_A
vector_b <- master$Median_B

heatmap_prep <- function(vector_a,vector_b){
    dummy <- as.data.frame(matrix(0, ncol=length(vector_b), nrow=length(vector_a))
    for (i in 1:length(vector_a)){
        first_number <- vector_a[i]
        for(j in 1:length(vector_b)){
            second_number <- vector_b[j]
            result <- cor(vector_a,vector_b)
            dummy [i,j] <- result

        }
    }
    return(dummy)
}

heatmap_data_matrix <- as.matrix(heatmap_prep(vector_a,vector_b))

#Create heatmap:
library(stats)
library(gplots)
library(RColorBrewer)
heatmap(heatmap_data_matrix,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none', xlab= "B", ylab= "A", main = "Heatmap", col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")))

बहुत - बहुत धन्यवाद!

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Julio Lopez 18 जून 2018, 18:05

1 उत्तर

सबसे बढ़िया उत्तर

निम्नलिखित कोड को आपके द्वारा प्रदान की गई न्यूनतम कार्यशील उदाहरण प्रदान करना चाहिए।

df <- data.frame("A" = c(12,13,15),
                 "B" = c(15,34,15),
                 "C" = c(16,34,56),
                 "D" = c(455,55,45),
                 "E" = c(78,67,65),
                 "F" = c(67,67,56),
                 "G" = c(67,45,64),
                 "H" = c(56,54,56),
                 "I" = c(56,89,90))

library(reshape2)
melted_cor <- melt(cor(df))
library(ggplot2)
ggplot(data = melted_cor, aes(x=X1, y=X2, fill=value)) + 
  geom_tile()

tile plot

यहाँ इसे और अधिक विस्तार से समझाया गया है: http:// www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-quick-correlation-matrix-heatmap-r-software-and-data-visualization

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M.Punt 18 जून 2018, 22:45