क्या किसी को पता है कि मेरे हीटमैप को कैसे फिर से आकार देना है, इसलिए यह मेरे द्वारा पोस्ट किए गए दूसरे के समान है? मुझे मूल रूप से सभी पक्षों को स्विच करने की आवश्यकता है। मैंने कुछ समाधानों की कोशिश की लेकिन कुछ भी काम नहीं कर रहा है। मैं pheatmap() का उपयोग कर रहा हूं।

enter image description here

यह मेरा कोड है:

library(pheatmap)
library(grid)

all_data2 <- cbind(amino,sphingo,hexoses,phospha,lyso,acyl)
matrix_data <- as.matrix(amino[, 3:31])
rownames(matrix_data) <- sample_id$`Sample Identification`
heatmap_final <- matrix_data[,!colnames(matrix_data) %in% c('Sample Identification.1','Sample Identification.2','Sample Identification','Time point.1','Time point.2', 'Time point')]

all_data2 = data.frame("Time point" = c(rep("T0",45),rep("T1",45)))
rownames(all_data2) = rownames(heatmap_final) # name matching

heatmap_final[order(rownames(heatmap_final)),order(colnames(heatmap_final))]

draw_colnames_45 <- function (coln, gaps, ...) {
 coord <- pheatmap:::find_coordinates(length(coln), gaps)
 x     <- coord$coord - 0.5 * coord$size
 res   <- grid::textGrob(
   coln, x = x, y = unit(1, "npc") - unit(3,"bigpts"),
   vjust = 0.75, hjust = 1, rot = 45, gp = grid::gpar(...)
 )
 return(res)
}
assignInNamespace(
 x = "draw_colnames",
 value = "draw_colnames_45",
 ns = asNamespace("pheatmap")
)


 
 
pheatmap(
 mat = log2(heatmap_final),
 scale = "column",
 annotation_row = all_data2,
 cluster_rows = F,
 show_rownames = TRUE,
 drop_levels = TRUE,
 fontsize = 5,
 clustering_method = "complete",
 main = "Hierachical Cluster Analysis"
)



इसे इस तरह क्रमबद्ध किया जाना चाहिए, और अगर किसी के पास मेरे हीटमैप को दूसरे से मिलान करने के लिए कैसे स्विच करना है, इस बारे में कोई विचार है तो मैं आभारी रहूंगा।

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doc elfein 12 सितंबर 2020, 19:58

1 उत्तर

सबसे बढ़िया उत्तर

आप अपने इनपुट मैट्रिक्स को t() के साथ स्थानांतरित कर सकते हैं। फिर आपको अन्य मापदंडों को बदलना होगा जो आपके हीटमैप की पंक्तियों/स्तंभों पर निर्भर करते हैं:

pheatmap(
 mat = t(log2(heatmap_final)),
 scale = "row",
 annotation_col = all_data2,
 cluster_cols = F,
 show_rownames = TRUE,
 drop_levels = TRUE,
 fontsize = 5,
 clustering_method = "complete",
 main = "Hierachical Cluster Analysis"
)
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starja 12 सितंबर 2020, 21:43